電子証明書の更新とe-Taxでの再登録手続きの要否
マイナンバーカードに搭載されている
「電子証明書」を更新した場合
電子申告などの際にも電子証明書の更新作業が原則必要となります

マイナンバーカードの電子証明書の有効期限は5年
マイナンバーカードに搭載されている電子証明書は、発行後5回目の誕生日が「有効期限」として設定されています
マイナンバーカードの電子証明書が有効期限を迎えると、各種証明書のコンビニ交付サービスやマイナポータルのログイン、e-Tax等の利用に制限がかかります
こうしたサービスを引き続き利用する場合は、役所窓口での「電子証明書の更新」の手続きが必要です
2016年1月のマイナンバーカード交付開始から6年が経ち、電子証明書の更新時期を迎える方がすこしずつ増えています
対象となる方には、電子証明書の「有効期限のお知らせ」という書類が届きますので、早めに手続きをしておきましょう
なお、電子証明書の有効期限を迎えても、マイナンバーカードを「本人確認書類」として使用することは可能です
電子申告システムでも証明書の更新作業が必要に
e-Tax や eLTAX といった国税や地方税の電子申告・納税システムにおいて、マイナンバーカードを電子証明書として登録している場合、5年に1回のマイナンバーカードの電子証明書の更新を行った後は、e-Tax や eLTAX でも電子証明書の更新作業がそれぞれ必要になります
e-Taxソフト(WEB版)を利用している場合、「利用者情報の登録・確認・変更」画面から電子証明書の「登録・更新」を行います
更新した電子証明書をe-Taxソフト(WEB版)を利用して再登録するには、どうすればいいですか。
e-Taxソフトを利用している場合、電子証明書の更新は、e-Taxソフトのメニューボタンの「利用者情報登録」→「電子証明書登録・更新」から行います
マイナンバーカード方式を利用している場合
上記のような話をきくと、個人の確定申告で「マイナンバーカード方式」を利用している場合であれば、マイナンバーカードに搭載されている電子証明書の更新に伴い、e-Tax でも、やはり電子証明書の更新手続きが必要ではないかと感じられます
ところが、個人の確定申告で「マイナンバーカード方式」を利用している場合、マイナンバーの電子証明書の更新を行った当日は利用できないものの、更新した日の翌日から特別な手続きをせずに以前と同じように利用できるそうです
https://www.e-tax.nta.go.jp/topics/topics_densisyoumei.htm
*上記リンクの「3. 電子証明書の更新後の留意事項について」部分
これは「マイナンバーカード方式」を利用するための手続きにおいて、すでに「利用者証明用電子証明書のシリアル番号」と「利用者識別番号(数字16桁)」を関連付けてe-Tax へ登録しているためということです(電子証明書の登録を行っていない)
したがって、マイナンバーカードの電子証明書(有効期限:5年間)が失効した場合でも、市区町村の窓口で電子証明書の更新を行うことで、電子証明書の再登録や更新手続きをせずに、e-Taxを利用できるということです(ただし、更新日の翌日以降)

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